《亡国舰队》改编自福井晴敏出版于1999年的同名小说。日本海上自卫队的“急劲号”神盾舰副舰长（寺尾聪饰）与在东京湾进行行训的某国对日情报员（中井贵一饰）共谋刺杀舰长，夺取急劲号。他们威胁日本政府已经将舰上的导弹全部瞄准东京，并且这些导弹内含毁灭性极强的特殊武器。防卫厅情报局的本部长（佐籐浩市饰）欲解决此事，却因为急劲号的最新防空系统而束手无策。此时，对军舰了若指掌的伍长（真田广之饰）决定自己夺回急劲号。
